ภาควิชาจุลชีววิทยา เดิมเป็นสาขาจุลชีววิทยา ในภาควิชาชีววิทยา ซึ่งก่อตั้งขึ้นเมื่อปีพุทธศักราช 2533 มีวัตถุประสงค์เพื่อผลิตบัณฑิตที่มีความรู้ความสามารถในด้านจุลชีววิทยาที่กำลังขาดแคลนในขณะนั้น โดยเปิดรับนิสิตรุ่นแรกเมื่อปีพุทธศักราช 2534 และในปีพุทธศักราช 2559 ได้แยกส่วนงานมาเป็น “ภาควิชาจุลชีววิทยา” โดยจัดการเรียนการสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาจุลชีววิทยา ปัจจุบันภาควิชาจุลชีววิทยาตั้งอยู่ที่อาคาร 19 ชั้น 12 คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยซรีนครินทรวิโรฒ ประสานมิตร

         ภาควิชาจุลชีววิทยามีงานวิจัยที่มีความหลากหลาย ประกอบไปด้วย จุลชีววิทยาทางด้านสิ่งแวดล้อม ราวิทยา จุลชีววิทยาทางอาหารและอุตสาหกรรม การฟื้นฟูสิ่งแวดล้อมโดยวิธีชีวภาพ พันธุวิศวกรรม การผลิตพลังงานทางชีวภาพโดยเทคโนโลยีทางจุลชีววิทยา การผลิตเอนไซม์จากจุลินทรีย์ รวมไปถึงจุลินทรีย์เพื่อการเกษตร ซึ่งงานวิจัยเหล่านี้มีตอบสนองต่อนโยบายของรัฐบาล Thailand 4.0 ในด้านของเทคโนโลยีทางการเกษตรและอาหาร ส่งเสริมการแพทย์เพื่อสุขภาวะ รวมไปถึงการรักษาสภาพแวดล้อม ที่จะนำไปสู่สังคมที่มีความมั่นคงและยั่งยืน